癌症治疗会引起副作用，因为治疗肿瘤细胞的同时也会影响健康组织或器官，神经母细胞瘤也不例外。
化疗的副作用取决于给药的类型和剂量以及服用的时间长短。一般副作用可包括：脱发、口腔溃疡、食欲不振、恶心和呕吐、腹泻或便秘、感染机会增加、容易瘀伤或出血、疲劳等。副作用的严重程度与药物的种类、剂量及化疗时间等有关。通常，这些副作用会在治疗结束后消失。
放疗的副作用包括疲劳、轻微的皮肤不适、恶心、腹泻等。同时，儿童的身体对放疗往往非常敏感，可能因放疗而增加远期继发性肿瘤的风险，对大脑和生殖系统的放疗有时也可能影响儿童的生长发育，因此需预估好辐射剂量与期望达到的治疗目标。
在高危神经母细胞瘤生存者中，可能出现生长减缓、甲状腺功能紊乱、学习障碍和继发性肿瘤等情况。
