基因检测公司,基因检测机构,基因检测哪家公司好,Foundation Medicine全球肿瘤基因检测公司排名第一
在全球都在提倡普及精准医学的今天，基因检测是基石。FDA目前已经批准了100多种靶向药及十大免疫检查点抑制剂，肿瘤患者想要用这些效果更好的药物，就需要在细胞分子水平对肿瘤发病机制进行分析，寻找突变位点和评估获益程度的生物标记物，进而为患者制定包括化疗，靶向，免疫治疗方案，以及家族癌症风险评估。不得不说，一个患者一套方案的个体化诊疗时代已经到来。
目前，我国做基因检测的独立医学检验所已超过200家，拥有一批优秀的大公司，但也存在大量小机构，甚至一个小实验室就可以为患者做癌症全基因检测，检测结果存在准确性问题，一些三甲医院临床实验室的基因检测水平也不尽如人意。很有可能花了钱，耽误了时间，结果却什么也没检测出来。对于都是外行的癌症患者甚至包括一些临床医生来说，很难分辨出究竟哪一家基因检测机构才是靠谱的。
2020年1月16日全球肿瘤医生网医学部很荣幸的邀请到了美国Foundation Medicine 中国北区负责人深度剖析了肿瘤基因检测行业的标杆--FoundationOne CDx是如何给临床医生提供诊断级别的治疗指导的。
Foundation Medicine到底有多牛
Foundation Medicine 是全球癌症基因检测分析公司之一，聚集了世界上无与伦比的科学家，是致力于基因测序的先行者。Foundation癌症基因检测在美国拥有最高的认证，是全美肿瘤专家公认和推荐的癌症基因检测机构，也是癌症患者首选的基因检测和分析机构。它的光环已经多到无法一一列举。
Foundation Medicine公司成立于2010年，拥有史上最豪华的专家团队和明星投资者。
其创始之一是埃里克·兰德尔(Eric Lander)，曾经是人类基因组计划(Human Genome Project)的领导成员，当之无愧的“走在基因研究领域最前端的人”。
2011年GoogleCEO拉里·佩奇(Larry Page)为其投资。拥有的股份为9%。
2013年，比尔盖茨为Foundation Medicin进行B轮投资，拥有的股份为4%.他在采访中说到：
“对人类基因组的理解正在剧烈影响几乎所有的医学领域。Foundation Medicine正在利用基因组数据的力量来改善对癌症的治疗，这将是十分重要的一步。我很高兴能够成为它的支持者。” 2016年6月，美国国家癌症研究院(NCI)宣布：特指定与全球最的癌症基因测序公司Foundation Medicine合作，旨在协助NIC正在执行的癌症探月计划和癌症精准治疗研究计划。
2017年6月7日，Foundation与美国国家癌症研究院(NCI)达成协议，协助NCI-MATCH试验计划1100个临床实验基地进行基因检测，提供其独家数据库FoundationCORE中1.8万例成人肿瘤患者的基因组测序数据，比NCI自身的数据库多出两倍有余，这是NCI接受到的最大的公共基因组信息，数据将用来加速精准医学产品的研发，为癌症患者们带来更好的疗法。
乔布斯患癌之后，也曾经使用过Foundation Medicine的基因检测技术，花费十万美元，但终究没有挽回生命。不过，乔布斯认为这样的检测很有意义。他在接受《麻省理工科技评论》采访时曾表示：“我要么是第一批以这种方式击败癌症的人，要么是最后一批死于癌症的人。”
2018年， FDA 批准了首个针对泛肿瘤的全面的伴随诊断检测FoundationOne CDx ，这个产品覆盖324个基因、两个可以预测免疫检查点抑制剂疗效的分子标记(MSI/TMB)、覆盖全部实体瘤、直接对应FDA批准的17个靶向治疗方案!
Foundation Medicine-全球肿瘤基因检测行业标杆
01、FDA批准的首个也是唯一一个泛癌种的伴随诊断
2017年11月，美国食品和药品管理局(FDA)批准Foundation Medicine公司的FoundationOne CDx (F1CDx)用于肿瘤临床诊断。这款产品是目前FDA批准的唯一一个临床肿瘤用药的泛癌种伴随诊断。这个批准大家可能从字面上理解不了有多牛，在这里跟大家详细说明下。
第一个关键词，泛癌种：FoundationOne CDx (F1CDx)是适用于所有实体瘤的全基因组测序。
第二个关键词,伴随诊断：伴随诊断的意思是foundation的检测结果是FDA认可的，可直接指导临床医生用药的诊断级别的全基因报告，而除此之外，其他机构的报告只能供临床医生参考。
第三个关键词，324个基因：目前市面上很多基因检测公司都宣称能检测600多甚至800多个基因，个别的还能检测1000多个基因，一般大家会认为同样的价格肯定检测的基因越多越好，实际上，基因检测的含金量跟数量没有太大关系。FoundationOne CDx测序中包含的324个基因，全部是经过证实有获批或在研药物的基因，并且是检测所有基因变异的类型：碱基替换、插入和缺失、拷贝数变异和重排。小的公司为了节约成本或是受技术影响，只做热点检测，或者只检测碱基替换和插入缺失，造成很高的漏检率，导致很多假阴性结果的出现，患者花了钱，却什么也没检测出来。
除了可检测324个和肿瘤密切相关的基因突变，还可以检测TMB和MSI两个基因组特征，是FDA批准的首款获得突破性认定的癌症NGS体外诊断检测产品。
02、拥有世界最高级别认证
基因检测的阵地就是实验室，必须要获得国家相关部门的认可，或者国际实验室资质认可。就像医学类院校的学生要当临床医生首先要有医师执业证，一家合格的基因检测公司要接收患者的组织样本出具报告，首先要具备CAP与CLIA双认证，被视为临床检测行业内金标准。
FoundationOne CDx在此基础上还通过了纽约州卫⽣署和MolDx技术评估。
美国FDA授予FoundationOne CDx该产品上市，充分说明美国FDA认可该产品检测性能的同时也认可了该机构对结果的综合分析能力。
更值得一提的是，FoundationOne CDx还同时获得了美国医疗保险和医疗补助服务中心(CMS)的评定，纳入了美国的医保报销范围，足以证明这项检测卓越地检测分析性能及结果的综合分析能力对癌症患者和临床医生的意义重大。
FoundationOne CDx是国内唯一一家通过三类医疗器械的审批的基因检测机构。国家对于医疗器械有着严格的分类，而三类医疗器械是最高级别的医疗器械，也是必须严格控制的医疗器械，是指植入人体，用于支持、维持生命，对人体具有潜在危险，对其安全性、有效性必须严格控制的医疗器械，比如心脏起搏器等。
因此，FoundationOne CDx不管是在国内还是国际上，所获得的认证都是无可比拟的。
03、独有的数据库
FoundationCore是目前世界上最大的癌症基因组数据库之一，拥有超过18万患者的数据记录;相对于人群患病率，它特别适合罕见癌症的治疗，因此，对于一些在临床中治疗中没有获益的人群它是进行基因组靶向的宝贵资源。
FoundationCore除了用于美国癌症中心前沿项目的研发和探索，同时也与全球50家以上的生物制药企业合作，帮助加速新的靶向药物研发，因此，foundation纳入的检测靶点具有前瞻性，比如NTRK这个基因，在无进展生存系药物拉罗替尼和恩曲替尼上市后，如今已成为一个泛癌种的明星靶点，而在几年前，国内几乎无人知晓的时候，这个靶点已被foundation收录，并且国外有很多晚期患者通过foundation检测入组拉罗替尼和恩曲替尼的临床试验，挽回了生命。
04、分析认证和临床验证双保险,确保准确无误的检测结果
分析验证是为了确保测试可以检测出承诺能检测到的基因(准确性、精确度)
结果显示: 碱基替换(MAF 5-100%)敏感性: >99% 阳性预测值: >99%插入/缺失(1-40bp, MAF 10-100%)敏感性: >98% 阳性预测值: >99%拷贝数变异(zero or ≥8 copies)敏感性: >95% 阳性预测值: >99%融合 敏感性: >95% (>99% for ALK融合) 阳性预测值: >99%临床验证是比分析验证难度更高也是更为重要的，因为临床验证直接关系到预测临床治疗效果的。foundation的临床验证结果证实患者经过检测可获得生存获益(肿瘤缩小，无进展生存期，总生存期，风险比)。
05、全球癌症专家和药厂公认和推荐的基因检测项目
由于foundation medicine对癌症临床治疗的指导意义，美国癌症中心如MD安德森癌症中心、纪念斯隆凯瑟琳癌症研究院、丹娜法伯癌症研究院、麻省总医院等全球癌症机构的专家都会推荐患者接受foundation的基因检测，并肯定foundation的检测结果!
此外，在全球肿瘤医生网查阅的大量文献中，很多明星抗癌靶向药的临床试验检测部分均指定Foundation Medicine进行靶点检测，比如大名鼎鼎的”无进展生存系“神药拉罗替尼等等。甚至开发了专门针对该类药品的NTRK融合检测。
关于FoundationOne CDx检测的五个问题
01、FoundationOne CDx检测肿瘤DNA所有突变类型
人的DNA是遗传物质的载体，而基因就是DNA中真正有含义的片段。癌友之所以会得肿瘤，归根结底是由于身体内累积了许多有害的基因突变，千奇百怪的变异，最终导致了癌症。
癌细胞中可能发生许多类型的基因改变。基于DNA的改变主要类型包括：碱基替换，插入或缺失，拷贝数变异，重排。
传统的基因检测的技术其实很多，从等位基因特异性PCR，Sanger双脱氧测序到FISH,ICH，每种检测都有一定的缺陷。以HER2为例，在我国，IHC和FISH是检测HER2的金标准，但FISH/IHC 检测存在局限性，只能检测蛋白表达和拷贝数改变及重排，而引起HER2功能改变的 HER2的遗传水平的变异包括：拷贝数的改变、重排、插入和缺失、 碱基替换，造成我们国家HER2检测的漏检率高于其他国家。
还有很多小的公司为了节约成本或是受技术影响，也只做热点检测，或者只检测碱基替换和插入缺失，会造成很高的漏检率，导致很多假阴性结果的出现。
02、FoundationOne CDx是基于二代测序的全基因组测序
二代测序的出现，完美的弥补了传统单基因检测和热点基因检测的漏洞，使患者用非常宝贵的组织切片，只进行一次检测，就能获得更为精准和全面的基因分析，二代测序技术目前分为三类：
1.WGS全基因组测序：如果将人类的2万多个基因比作是一本书，那么WGS测序是将这本书第一页的第一个字读到最后一页的最后一个字。
优点：最全面。可同时检测整个基因组中的替换，重复，插入，缺失，插入，基因和外显子拷贝数变化以及染色体反转和易位。缺点：昂贵和低产量; 需要完全不同于传统上用于大多数突变检测技术的DNA制备方法; 需要更多的肿瘤组织; 需要复杂的生物信息学; 对数据存储和处理有巨大的计算需求。
2.WES全外显子测序：如果将人类的2万多个基因比作是一本书，那么WES测序是挑这本书20页中的外显子来看，而排除非常重要的内含子，因为融合基因的突变通常时发生在内含子上的，会漏掉ALK,ROS1,NTRK融合这些意义非常重大的用药靶点。优点：综合性中等。在同一检测中，可同时检测许多基因中的替换，重复，插入，缺失，插入和外显子和基因 拷贝数变化。缺点：昂贵; 需要完全不同于传统上用于其他分子突变检测技术的DNA制备方法; 需要更多的肿瘤组织; 需要复杂的生物信息学。
3.CGP(comprehensive genomic profiling)全面基因组测序：如果将人类的2万多个基因比作是一本书，那么CGP测序是精准的挑选第一页的第三段，第五页的第四段...这些已明确的跟肿瘤发生发展密切相关的靶点进行检测。
优点：能够同时检测单个测定中许多基因中的替换，重复，插入，缺失，插入和外显子和基因 拷贝数变化。探针也可以设计为捕获经常重新排列的基因中的选择性易位断点，如FoundationOne TM。缺点：昂贵; 需要与传统上用于其他分子突变测定的完全不同的DNA制备方法; 需要更多的肿瘤组织; 需要复杂的生物信息学。
03、提供靶向，免疫，临床试验三大治疗选择
靶向治疗国家卫健委之前颁布的《新型抗肿瘤药物临床应用指导原则(2018 年版)》，明确指出：抗肿瘤药物临床应用需在病理组织学确诊后或基因检测后方可使用。其中也罗列了需要和不需要癌症基因检测的常用的小分子靶向药物和大分子单克隆抗体类药物。但是这份指导原则仅覆盖了国内上市的靶向药，全球肿瘤医生网结合国外新药上市的情况给大家做了系统的盘点。各类靶向治疗需要检测的靶点和不需要检测就能使用的药物一览表：
癌症免疫疗法治疗
癌症免疫疗法具有利用我们自身免疫系统的力量治疗癌症的超能力。但是，并非所有的癌症免疫疗法都适用于所有患者。比如近年来风头正盛的免疫检查点抑制剂治疗实体瘤的总体反应率(ORR)仅20-40%，因此确定哪些患者可能受益于免疫治疗而哪些患者不受益是至关重要的，因为免疫治疗本身很昂贵和并且具有一定毒性。
Foundation Medicine为所有晚期患者提供TMB，MSI *和PD-L1分析，帮助确定更多适合免疫疗法的患者。
1.肿瘤突变负荷(TMB)
TMB是一种定量的生物标志物，它表示了人体内每百万个碱基中发生错误的数量。具有高TMB的肿瘤细胞具有较高的新抗原水平，这被认为可以帮助免疫系统识别肿瘤并刺激抗肿瘤T细胞的增殖和抗肿瘤反应。
但是，可改善生存期的TMB切点值在不同癌症类型之间存在显著不同的差异，也就是说，不同的癌症类型，预测免疫治疗效果的TMB值是不同的。并且，不同的基因检测公司对于TMB的算法也有着天壤之别，可能同一个患者在一家公司检测的值很高，在另一家的值极低，这时，临床医生无法根据报告做出决策。
而FoundationOne CDx对于TMB的分析是被FDA批准的独家专利算法，分为高，中，低和不确定，这是目前国内任何公司都无法复制和掌握的算法。TMB高： ≥20Muts / MbTMB- 中级：6-19 Muts / Mb低TMB： ≤5Muts / Mb无法确定：无法计算准确的TMB分数。
2.MSI
微卫星不稳MSI是一种基因组生物标志物，是缺陷错配修复(dMMR)的标志，它导致异常高频率的基因突变。MSI高状态与更高的新抗原表达相关，这有助于免疫系统识别肿瘤。在20多种实体瘤中已检测到14种高MSI水平，因此强调了测试所有患者该关键生物标志物的重要性。
3.程序性死亡配体1(PD-L1)
PD-L1是一种蛋白质生物标志物，与免疫系统抑制密切相关。阳性的PD-L1免疫组织化学(IHC)可以表明患者对免疫疗法的反应会更高。但是，这种生物标志物的可变性凸显了需要额外的工具来预测哪些患者可能是免疫疗法的候选人。
通过将PD-L1，TMB和MSI测试结合起来评估免疫治疗是否能获益。
临床试验
如果不幸报告中没有获批的靶向药，也不要气馁，因为很多患者可以从临床实验中获益。
和国内大部分检测机构出具报告的临床试验推荐完全不同(国内一些基因检测机构只是根据突变靶点去clinicaltrails.gov临床试验官网搜一些列上去，这个工作小编也能做，如果大家有基本的英语水平，也可以从这个网站上找到临床试验)。
而Foundation报告的含金量就在于数据分析，这是需要庞大的数据库及的分析团队，包括分子生物学专家、病理医生，肿瘤医生、生物信息学专家、免疫学专家等通力合作，针对你的每一个突变位点掘地三百尺，查阅文献，相似病历，为你找到最匹配的治疗药物，以及你能够参加的前沿药物临床试验，因为，全球热门的抗癌新药研发，都指定这些的检测公司进行检测，比如大名鼎鼎的无进展生存系神药拉罗替尼，因此，这两家公司对每款抗癌新药的研发进展，无进展生存率，适合哪些患者都门清，这不是国内任何一家公司可以媲美的。有晚期患者因为有机会参加foundation推荐的全球的药物临床试验，实现奇迹般的逆转!
最后，Rossy再次很负责任的向所有的癌症患者推荐foundation基因检测，注意，这绝对不是广告，因为这样的一家公司实在无需广告，只是为了让更多的癌症患者了解到真正的基因检测究竟是怎么做的，少些骗局和悲剧!(前几天听说一位医院主任与某检测公司合作，推荐一位患者去做基因检测。但该患者的检测样本因临时有事耽误了几天，还未寄出，却已经收到检测公司寄回的报告。主任大为光火，虽然中止了与上述检测公司的合作，但相信国内还有很多无良检测公司打着精准医疗的幌子诈骗患者的救命钱，请大家务必选择检测机构!)
